Didirikannya perguruan tinggi agama Islam di Kediri dimulai dengan berkumpulnya para ulama yang didukung oleh oleh Bupati Kediri, Imam Koesoebagyo, pada tahun 1960. Di antara para ulama tersebut adalah Kyai Mahfudh, K.H. Syafi`I Marzuki, K.H. Mahrus Ali, H.Ali Mashar, dan Anwar Zen. Bupati Kediri, Imam Kusubagyo, adalah termasuk tokoh (birokrat/pejabat) yang cukup pro aktif dalam hal rencana pendirian perguruan tinggi Islam. Imam Kusubagyo merupakan sosok dari anggota Partai Nasionalis Indonesia (PNI), tetapi memiliki kultur keislaman (NU) yang cukup kuat. Oleh karenanya, pada saat pencalonan Bupati Kediri, ia mendapat dukungan kuat dari umat Islam, khususnya dari kaum nahdliyin.
Di samping itu, tak mengherankan jika ia memiliki semangat tinggi untuk mendirikan perguruan tinggi Islam. Dari hasil pertemuan tersebut diperoleh keputusan akan mendirikan lembaga pendidikan tinggi Islam
Setelah melakukan berbagai upaya untuk mendirikan lembaga pendidikan tinggi, barulah pada tahun 1962 Panitia Persiapan Pendirian Lembaga Pendidikan Tinggi di Kediri berhasil mendirikan Sekolah Persiapan (SP) IAIN. Sekolah ini diresmikan oleh Menteri Agama RI, Sjaifudin Zuhri, pada tahun 1962. Pada tahun 1964 berbekal SP IAIN yang menginduk ke IAIN Sunan Kalijaga didirikanlah dan diresmikanlah Fakultas Ushuluddin. Pendirian Fakultas Ushuluddin di Kediri didasarkan pada Keputusan Menteri Agama RI No. 33 tahun 1964 tertanggal 16 Juli 1964. Setelah Fakultas Ushuluddin IAIN Sunan Ampel Cabang Kediri berumur lebih kurang 32 tahun, pada tahun 1997 pemerintah menetapkan peraturan baru bahwa perguruan tinggi cabang harus berdiri sendiri. Fakultas Ushuluddin Sunan Ampel Cabang Kediri berdasarkan Keputusan Presiden (Keppres) Nomor 11 tahun 1997 secara resmi berdiri sendiri dan ditetapkan sebagai Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kediri. Setelah menjadi STAIN perguruan tinggi ini tidak memiliki hubungan struktural lagi dengan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Ampel Surabaya.
Dan STAIN Kediri beralih status menjadi IAIN Kediri pada tahun 2018. Secara struktural IAIN Kediri berada di bawah Dirjen Perguruan Tinggi Islam Departemen Agama. Secara manajerial juga telah mandiri. Pengangkatan pegawai, penentuan pemimpin, dan anggaran telah memiliki kewenangan sendiri